Nasceu na freguesia de São Paio, da cidade de Guimarães, em 24 de Julho de 1910. Em 1919, com apenas nove anos de idade, veio com toda a sua numerosa família para Lisboa, onde até 1923 frequentou o Liceu Passos Manuel.

Nesse ano foi para a Escola Apostólica que os Jesuítas portugueses, então expulsos de Portugal, tinham a funcionar no antigo Convento dos Capuchinhos em São Martinho de Trevejo, perto de Cidade Rodrigo, na Espanha. Sentindo verdadeira vocação para abraçar a vida religiosa na nossa Ordem, os Padres da Companhia de Jesus respeitaram a sua opção vocacional e arranjaram-lhe a admissão no Colégio Seráfico de El Pardo, dos Capuchinhos da Província de Castela, para onde foi em Outubro de 1924.

Três anos depois, em 27 de Agosto de 1927 vestiu o hábito capuchinho no Convento de Barsuto em Bilbau com o nome de Frei Agnelo de Guimarães. Aí fez a profissão temporária em 28 de Agosto do ano seguinte, e de 1928 a 1931 estudou Filosofia no Convento de Monteano (Santander). Emitiu a profissão perpétua no Convento de León em 13 de Outubro de 1931 e, logo a seguir, partiu para Roma a fim de estudar Teologia na Universidade Gregoriana. Aí ficou até Janeiro de 1938. Foi ordenado sacerdote na Basílica de São João de Latrão em 31 de Março de 1934, e em 28 de Janeiro de 1938 defendeu publicamente a sua tese de doutoramento publicada com o título “Hervé Noël, ses oeuvres et sa doctrine sur l’Immaculée Conception”.

Depois de quase 14 anos de ausência, reentrou em Portugal a 24 de Fevereiro de 1938 e iria ser um dos grandes pioneiros da implantação da Ordem Capuchinha no nosso país. Efectivamente, e devido, em grande parte, a repetidas instâncias suas, o decreto oficial da fundação do Comissariado Geral dos Capuchinhos portugueses seria assinado em Roma no seguinte 1 de Março de 1939.

De Março a Outubro de 1938 residiu na Fraternidade de Barcelos, de Outubro de 1938 a Fevereiro de 1939 viveu no Seminário Seráfico de Serpa, de Março a Setembro de 1939 na Casa de Beja, de Setembro de 1939 a Janeiro de 1940 foi Vigário da Fraternidade do pequeno Seminário da Quinta do Calvário em Fafe.

De Setembro de 1940 a Julho de 1944 residiu no Porto, primeiro na pequena casa da Rua de São Dinis, ao Carvalhido, e depois na Casa da Rua Nova do Tronco, que entretanto fora comprada pela Ordem. Em 14 de Julho de 1944 embarcou para Moçambique, onde foi fundar com o Frei Conrado de Ribeiros e mais cinco confrades capuchinhos da Suíça a nossa Missão da Zambézia, de que foi o primeiro Superior Regular, e aí ficou até Dezembro de 1948. Durante esse tempo, fundou as missões de Maganja da Costa, de Milange, de Namacurra, de Ile e de Mugeba. Até 1948 toda esta zona missionária pertenceu ao nosso Comissariado, embora desde 1946 estivesse destinada aos Capuchinhos da Província de Trento, expulsos da Abissínia durante a Segunda Grande Guerra Mundial.

Regressado de África, ficou a viver no Convento do Porto onde, de Janeiro a Julho de 1949, foi professor no Seminário Seráfico. No seguinte mês de Agosto foi enviado para Barcelos, e aí residiu até Julho de 1950 como professor de Filosofia. De Agosto de 1950 a Dezembro de 1951 esteve no Seminário Seráfico de Aldeia do Mato (Belmonte), que depois se chamou Vale Formoso.

De 19 de Dezembro de 1951 a 15 de Dezembro de 1952 viveu no Convento de Jesus de Medinaceli, em Madrid, onde começou a dedicar-se quase exclusivamente à História das antigas Missões dos Capuchinhos em Angola e no Brasil. Em 1952 regressou a Lisboa para se albergar na casa da sua família onde permaneceu até princípios de Outubro de 1955.

Finalmente, depois de tantas andanças, em 4 de Outubro de 1955 instalou-se na nossa Casa de Lisboa, inaugurada no ano anterior, a cuja Fraternidade ficaria a pertencer para o resto da sua longa vida. Em 21 de Janeiro de 1958, a seu pedido e por decreto do Padre Geral, foi desmembrado da Província de Castela e definitivamente incorporado no então Comissariado Provincial de Portugal.

Religioso multifacetado e de rara inteligência, com a sua laboriosa actividade soube dar um valioso e decisivo impulso em vários sectores vitais da implantação da Ordem em Portugal: no campo do ensino, da iniciação e formação dos nossos jovens à vida cristã e franciscana; no ministério da pregação à qual se dedicou continuamente e sem descanso em muitas paróquias rurais e urbanas das dioceses de Beja, Lisboa, Leiria, Braga e Guarda; na actividade missionária “ad gentes”; e em muitas outras tarefas ministeriais e apostólicas que foi chamado a desempenhar.

Porém, onde se sentiu plenamente realizado e deu um grande nome à Ordem Capuchinha em Portugal foi no campo do estudo e da investigação histórica e bibliográfica, à qual se dedicou, em exclusivo, a partir de 1955. Estudioso incansável, deixou mais de 70 títulos publicados com numerosos trabalhos de investigação histórica e bibliográfica “de sólido fundamento, rigorosa crítica, desde as fontes aos problemas, ampla revelação de aspectos desconhecidos, baseada em largas investigações arquivísticas que o puseram em contacto com documentos inéditos, parte dos quais publicou” (Prof. Veríssimo Serrão, Presidente da APH). Destes títulos fazem parte numerosos estudos sobre a missionação dos Capuchinhos nos séculos XVII e XVIII na África, no Brasil e noutras partes do mundo.

Um dos aspectos que mobilizaram o seu interesse foi a dilucidação e o aprofundamento da bibliografia portuguesa. Testemunho disso são dezenas de trabalhos históricos e bibliográficos sobre a presença dos Capuchinhos franceses e italianos em Lisboa com destino às missões do Brasil, do Congo e de Angola (séculos XVII e XVIII), a primeira missão dos Capuchinhos em Cabo Verde (séc. XVII), a sua missionação em São Tomé e Príncipe, Benim, Pernambuco, Maranhão, Rio de São Francisco, Abissínia, nos três Reinos do Congo, Matamba e Angola (séc. XVII), em Portugal e no Ultramar português.“

A história dos Capuchinhos, dos Barbadinhos e da presença missionária no Ultramar português deve-lhe um excelente contributo” (Veríssimo Serrão). No plano nacional, deixou impressas várias obras sobre eminentes vultos da gesta histórica dos Descobrimentos Portugueses e da História de Portugal como Rui de Pina, Fernão de Magalhães, Damião de Góis, Vasco da Gama, Luís de Camões, Frei Tomé de Jesus, Frei Heitor Pinto, Pero de Magalhães, Bartolomeu Dias, Infante Dom Pe­dro, Dom Manuel II, e tantos outros.

Homem de cultura e estudioso da história da bibliografia nacional, participou activamente em muitos Colóquios e Congressos, dentro e fora do país, de que destacamos os seguintes: – I Colóquio Luso-brasileiro de História do Brasil (Rio de Janeiro, Dezembro de 1957); – II Colóquio Luso-brasileiro de História do Brasil, no qual tomou parte como representante oficial da Junta de Investigações do Ultramar, com o trabalho “Impressos quinhentistas portugueses referentes exclusivamente ao Brasil” (Lourenço Marques, Julho 1959); – Colóquio sobre as relações da Bretanha com Portugal e o Brasil, onde dissertou sobre “A Comunidade dos Capuchinhos Bretões em Lisboa de 1647 a 1833 e as suas missões na Ilha de São Tomé e no Brasil” (Rennes, Dezembro 1971); – II Colóquio Luso-espanhol de História Ultramarina, com uma comunicação sobre “As primeiras relações impressas da viagem de Fernão de Magalhães” (Lisboa, Setembro 1973); – Comemorações do IV Centenário dos Capuchinhos na Península Ibérica, com um trabalho sobre “Os Capuchinhos em Portugal” (Barcelona, Abril 1978); – Congresso Histórico de Guimarães, onde falou sobre “Livros quinhentistas de autores vimaranenses” (Guimarães, Junho 1979); – Congresso Hispano-Português sobre o VIII Centenário do nascimento de São Francisco, com uma comunicação sobre “São Francisco e Portugal” (Lisboa, Abril 1982); – Colóquio sobre Santo António, na Universidade Católica de Lisboa, comemorativo do 750º aniversário da sua morte, onde discreteou sobre “Os primeiros Franciscanos em Portugal” (Lisboa, Junho 1982); – Congresso Internacional e Comemorativo de Bartolomeu Dias e a sua Época, com uma comunicação sobre “Evangelização das terras descobertas no tempo de Bartolomeu Dias” (Porto, Setembro 1988); – Exposição sobre os 500 anos dos Descobrimentos Portugueses em Nova York, USA, para a qual escreveu o Catálogo dos livros editados sobre o “Impacto Cultural dos Descobrimentos Portugueses” (Nova York, Junho 1990); – Congresso Internacional de História sobre “Missionação Portuguesa e Encontro de Culturas”, moderando e encerrando os trabalhos da temática “Missionação nas áreas geográficas de expansão Portuguesa – séculos XV-XVIII”, (Lisboa, Abril-Maio 1992).

A ele se ficou a dever a preparação e a montagem na Biblioteca Nacional de Lisboa, em 1994, da Exposição Bibliográfica e Iconográfica comemorativa do VIII Centenário de Santa Clara. Escreveu também o Catálogo da Exposição que teve duas edições sucessivas.

Não menos relevante foi a colaboração que deixou dispersa por revistas nacionais e estrangeiras, nomeadamente nas revistas Portugal em  África (Lisboa), Colectânea de Estudos (Braga), Brasília (Coimbra), Revista de Guimarães (Guimarães), Itinerarium (Braga), Olisipo (Lisboa), Studia do Centro de Estudos Históricos Ultramarinos (Lisboa), Revista da Universidade de Coimbra (Coimbra), da Biblioteca Nacional (Lisboa), Lisboa Revista Municipal (Lisboa), Anais da Academia Portuguesa da História (Lisboa), Bíblica (Lisboa), Vida Consagrada (Lisboa), Études Franciscaines (Paris), Marianum (Roma), Collectanea Franciscana (Roma), Boletim Internacional de Bibliografia Luso-brasileira (Rio de Janeiro), Boletim Cultural da Guiné Portuguesa (Guiné), Estudios Franciscanos (Barcelona), Archivo Íbero-americano (Madrid), Revista Espanhola de Teologia (Madrid), e Revista das Ciências do Homem (Lourenço Marques – Moçambique).

A sua vasta obra, ao serviço da investigação e da cultura, foi justamente apreciada, avaliada e consagrada pelos eruditos do seu tempo. Em 1979 foi contemplado em Stuttgard, Alemanha, com o 2º Prémio Internacional de Bibliografia, conferido ao seu livro “Estudos sobre Damião de Góis e a sua Época”, um volume de 579 páginas, sendo então considerado “o melhor livro de bibliografia jamais publicado em Portugal”. Em 1983 foi-lhe outorgado o “Prémio de Bibliografia Dom Manuel II”, atribuído pela Casa de Bragança à sua publicação “Os Livros Quinhentistas de Autores Vimaranenses”, 235 páginas. Em 1992 recebeu o galardão de história “Prémio Fundação Calouste Gulbenkian ” sobre o tema “Presença de Portugal no Mundo” com que a Academia Portuguesa da História distinguiu a sua obra intitulada “As muitas Edições da ‘Peregrinação’ de Fernão Mendes Pinto”, 192 páginas e 24 folhas de papel brilhante com reprodução de frontispícios.

Como reconhecimento e consagração desta sua actividade científica, em 7 de Julho de 1978, foi nomeado Académico Correspondente da Academia Portuguesa da História, passando a Académico Efectivo ou de Número em 26 de Novembro de 1982, sendo-lhe atribuída a cadeira nº 28. Já antes, em 1954 fora designado como Sócio Correspondente do Instituto Histórico e Geográfico do Maranhão, do Instituto Arqueológico, Histórico e Geográfico de Pernambuco (Brasil), em 1956 como Vogal do Centro de Estudos Históricos Ultramarinos e em 1991 recebeu a nomeação de Sócio Correspondente da Real Academia de la História de Madrid.

A partir de 1955, teve a seu cargo o Arquivo e a Biblioteca da Casa Cadaval, sediada em Muje, onde se conservam manuscritos dos grandes cronistas e muitas outras importantes fontes documentais. A esse encargo ajuntou também o de capelão privativo dessa Casa brazonada, a capelania da Senhora da Piedade em Sintra, que devotamente serviu pelo espaço de 40 anos.

Sob a sua orientação metodológica e o seu valioso e imprescindível contributo, foi possível à nossa Província publicar em 1990 o livro comemorativo das suas Bodas de Ouro: “Os Capuchinhos em Portugal. Memória de um Cinquentenário (1939-1989)”.

Foi considerado no seu tempo um dos maiores bibliógrafos europeus da sua geração e “uma das mais operosas autoridades em matéria de bibliografia nacional” (António Valdemar, in Diário de Notícias de 12.12.1995).

De baixa estatura e de franzina compleição física, era um irmão de convicções profundas, de forte carácter, de espírito irrequieto e genicoso. Deixou-nos sobretudo um magnífico exemplo de amor ao estudo, de grande devoção ao Pai São Francisco e à Ordem Capuchinha, e um testemunho fraterno de alegria e humildade.

Faleceu em 2 de Dezembro de 1995 no Hospital de Santa Maria, em Lisboa. No seguinte dia 4, celebraram-se solenes exéquias com a nossa igreja do Calhariz de Benfica repleta de fiéis. No dia 5 de Dezembro, depois da Santa Missa das 8 horas da manhã, o seu funeral saiu para a nossa igreja do Porto. O seu corpo ficou sepultado no cemitério de Paranhos em jazigo privativo dos Capu­chinhos. O Frei Francisco Leite de Faria, que foi o primeiro sacerdote capuchinho português, contava 85 anos de idade, 67 de vida religiosa e 61 de sacerdócio.